La mise en place des conteneurs enterrés de déchets complète le volet résidentialisation des logements. Ce nouveau système de collecte des ordures ménagères et déchets recyclables est mis en service en trois phases, d'abord dans la partie nord, puis dans la partie centrale et enfin dans la partie sud du quartier, accompagnant progressivement l'aménagement des espaces publics. Chaque conteneur possède une capacité de stockage de 5 m³..
La SDH assure l'aménagement et l'entretien des conteneurs, la Métro se chargeant de la sensibilisation des habitants et de la collecte des déchets.
A terme, tout le quartier sera doté de ce système, qui présente plusieurs avantages. Il entraîne la suppression des vide-ordures qui ne permettaient pas de trier, il représente un gain esthétique (plus de containers ni de logettes sur l'espace public. Par ailleurs, l'externalisation et l'enterrement des conteneurs limitent les risques d'incendie. Ce mode de collecte permet aussi d'abaisser la fréquence de passage du camion de la Métro de 5 à 2 ou 3 passages par semaine.
Une collecte mixte sera maintenue sur les copropriétés en périphérie du Village 2 et sur les immeubles neufs où le maître d'ouvrage n'est pas la SDH. Une phase d'enquête sur l'utilité de la mise en place de ce mode de collecte dans les bâtiments publics de la Ville est en cours
La mise en service dans la partie nord du Village 2 (tour 1, bâtiments A, B et F) a eu lieu le 7 juin 2011 à l'occasion d'une journée de sensibilisation animée par les jeunes de Médiaterre et la « mascotte » de la Métro Super Tri. Six nouveaux points de collecte, composés de deux bornes chacun, l'une pour les ordures ménagères, l'autre pour les déchets ménagers recyclables, ont été inaugurés ainsi que deux conteneurs enterrés à verre. Les habitants sont venus nombreux participer aux différents stands et animations proposés.
Une deuxième journée a été organisée par le Centre social Village Sud et la SDH le 11 octobre 2011, afin d’inaugurer les conteneurs enterrés desservant les habitants des du n° 5 rue Galilée, des n°s 2, 4, 6 rue Niepce, des n°s 1, 3, 5, 7 rue Niepce et du Nova. Super Tri a de nouveau proposé aux enfants et aux parents une initiation ludique au tri sélectif.